Dot Blot Analysis.

Dot Blot Analysis.

Figur 1. Original dot blot.

Dette punktbildet er tilgjengelig i menyen File / Open Samples i ImageJ 1.33 eller nyere.

Figur 2. Profilplott.

Dette er hva du far nar du behandler hver rad i punktflaten som en horisontal «lane» og bruk gelanalyseprosedyren i ImageJ-handboken. Tallene pa hver topp er storrelsen pa den tilsvarende prikken som en prosentandel av den totale storrelsen pa alle prikkene. «Invert Peaks» i dialogboksen Analyser / Gels / Gel Analyzer Options ble aktivert for a unnga a ha pa tvers av toppene.

Figur 3. Profil plott av forste rad.

I den andre metoden maler du den integrerte tettheten til hver prikk ved a skissere den og bruke kommandoen Analyser / Mal. Denne metoden krever vanligvis bakgrunnskorrigering av bildet, som kan gjores ved a bruke kommandoen Prosess / trekkbakgrunn. Figur 3 inneholder profildiagrammer (Analyser / Plottprofil) av den forste raden med prikker for og etter at bakgrunnskorreksjonen ble gjort ved hjelp av kommandoen Subtract Background med rullende ballradius satt til 25 piksler.

Figur 4. Sirkul rvalg og integrerte tetthetsmalinger.

Etter a ha korrigert bakgrunnen, aktiver «Integrert tetthet» i Analyser / Angi mal, lag et sirkul rt utvalg, dra det over den forste prikken, trykk «m» (Analyser / Mal), og gjenta deretter de andre 27 punktene. Legg merke til hvordan bildet na har en svart bakgrunn? Den ble omvendt (Rediger / Inverter), slik at bakgrunnspikselverdiene er n r null, noe som kreves for riktig beregning av integrert tetthet. Du kan invertere oppslagstabellen (Bilde / Oppslagstabeller / Inverter LUT) for a gjenopprette det opprinnelige utseendet pa bildet. Alternativet «Bruk omvendt oppslagstabell» i Rediger / Valg / Bilde vil invertere pikseldataene og invertere oppslagstabellen.

Figur 5. Resultater ved hjelp av tomter (A) og integrert tetthet (B).